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15 de noviembre de 2010

Una bacteria que fabrica plástico biodegradable

  • Produce un polímero biodegradable que le permite subsistir en temperaturas extremas y sin nutrientes.

Fue hallada en la Antártida, en una laguna que se mantiene congelada la mayor parte del año. Fue bautizada como Pseudomonas extremaustralis y, si bien su crecimiento óptimo se produce a los 28°C, se las arregla muy bien por debajo de cero grado. Es una bacteria imbatible: resiste el frío y la radiación ultravioleta, así como la escasez de nutrientes, y para enfrentar esas duras condiciones ambientales produce una sustancia de reserva que resulta de sumo interés: el polihidroxibutirato (PHB), un polímero con el cual se puede fabricar plástico biodegradable.

"Buscábamos en estos ambientes extremos porque pensábamos que allí habría organismos que produjeran polímeros con propiedades interesantes", señala la doctora Nancy López, investigadora del Departamento de Química Biológica de la FCEyN, que publicó el hallazgo en Current Microbiology . Cabe aclarar que esta bacteria no es patógena para el hombre, a diferencia de su pariente, la Pseudomonas aeruginosa, un bacilo oportunista que infecta, sobre todo, el tracto pulmonar en seres humanos y causa neumonías.

López relata: "Para nuestra sorpresa, encontramos que la P. extremaustralis producía una alta cantidad del polímero, más del 80% del peso seco, que es muy alta en una especie de pseudomonas que normalmente produce 40%, y además un tipo de polímero que no es habitual en este microorganismo". El producto en cuestión es una sustancia de reserva que las bacterias fabrican y la utilizan cuando la necesitan, porque las ayuda a sobrellevar el estrés ambiental.

Un objetivo de los investigadores era identificar los genes responsables de la producción del polímero. Finalmente, pudieron determinar que la bacteria posee un mosaico de genes de distinto origen y que probablemente los haya adquirido por transferencia de otros microorganismos. "Pensamos que esos genes se mantuvieron en esta cepa porque constituían una ventaja en ese ambiente tan adverso", comenta.

Lo cierto es que esta bacteria parece indestructible. "Cuando la trajimos a Buenos Aires, y todavía no la habíamos identificado con precisión, pensamos que formaría esporas y la calentamos a 80°C para extraer las esporas. La sorpresa fue que aguantó esa alta temperatura", dice López, en cuyo equipo se desempeñan los licenciados Nicolás Ayub, Paula Tribelli, Mariela Catone y Carla Di Martino, además de la doctora Laura Raiger Iustman.

La poderosa bacteria fue sometida a pruebas de resistencia al frío y al congelamiento. El equipo observó que si mutaban el gen responsable de la producción del polímero, la bacteria no era capaz de crecer en el frío porque no soportaba el estrés oxidativo: no podía hacerle frente al aumento de moléculas de oxígeno reactivo que se producen por los cambios metabólicos frente a las duras condiciones del entorno.

Ante una situación de estrés por el frío, esos cambios en el metabolismo de la célula bacteriana dan lugar a moléculas reactivas de oxígeno (superóxidos y peróxidos, como el agua oxigenada) que dañan las macromoléculas, como el ADN. La bacteria con el gen mutado no pudo defenderse de esa agresión porque no alcanzaba a fabricar las enzimas para la detoxificación.

"Ante el frío extremo, la bacteria degrada sus reservas del polímero y los materiales de esa degradación le sirven para contrarrestar el estrés oxidativo causado por el frío", afirma López, que publicó este resultado en la revista Extremophiles , dedicada a los estudios sobre microorganismos capaces de sobrevivir en condiciones extremas y que, por eso, se denominan extremófilos.

Ahora bien, la propuesta no es que la P. extremaustralis se ponga a fabricar plástico. La idea es tomar los genes responsables de esa producción e insertarlos en otra bacteria, la Escherichia coli , que es más fácil de cultivar. Además, los investigadores quieren utilizar la alta capacidad de supervivencia y resistencia al estrés de la bacteria para otras aplicaciones biotecnológicas, como la biorremediación.

Fuente:

La Nación (Argentina)

29 de octubre de 2010

Después del genoma llega el metagenoma: la estructura microbiana del cuerpo humano

Una vez secuenciado el genoma humano, completado en abril de 2003, el nuevo reto de la ciencia consiste en la secuenciación del metagenoma, es decir, la estructura microbiana que habita en el cuerpo de todos nosotros, un segundo genoma que será mayor que el propio genoma humano que también será marcador de determinadas patologías.



Todo nuestro cuerpo está repleto de microbios, desde la boca hasta el estómago, incluida la piel. Con todo, la mayor parte de esas bacterias (entre un 90% y un 95%) se encuentran en el tracto digestivo y el resto (el 5%) en piel y mucosas. La interacción con el propio genoma determina qué organismos pueden vivir en cada persona.

Cada individuo tiene hasta 10 veces más bacterias que células propias (que contienen, a su vez, todos los genes que el individuo ha heredado de sus progenitores), de manera que una persona cualquiera tiene 10 billones de células y, con ellas, viven 100 billones de microorganismos.

Roderic Guigó, coordinador del programa Bioinformática y Genómica del Centro de Regulación Genómica (CRG) de Barcelona, y organizador del simposio internacional sobre secuenciación y análisis del genoma que se celebra en Barcelona, ha señalado que la secuenciación de este segundo genoma es muy relevante: por ejemplo, las personas con enfermedad de Krohn tienen una flora distinta en el estómago a quienes no la sufren.

Para conseguirlo, se deberá realizar un trabajo bioinformático muy complejo. El esfuerzo de secuenciación que exigirá este proyecto del microbioma es mayor que el del proyecto Genoma Humano.

A principios de 2010, ya la revista Nature publicó los resultados del Proyecto MetaHIT (llevado a cabo por Investigadores del Institut de Recerca del Hospital Universitario Vall d’Hebron de Barcelona (IR-HUVH) conjuntamente con el Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd): el desciframiento de la caracterización y variabilidad genética de las comunidades microbianas que viven en el tubo digestivo de los humanos: 10 millones de millones de bacterias; 3.300.000 genes diferentes traducidos en 20.000 funciones diferentes, 5.000 de las cuales eran totalmente desconocidas hasta ahora.

Pero los investigadores del estudio MetaHIT esperan finalizar el proceso en el plazo de cuatro años: ll siguiente paso es establecer la funcionalidad de estos genes en determinadas patologías en las que las bacterias influyen decisivamente por su acción sobre la nutrición (obesidad) y sobre el sistema inmune (Enfermedad Inflamatoria Intestinal).

Tomado de:

Gen Ciencia

20 de agosto de 2010

La estructura del VIH es distinta en sangre y semen

Un estudio indica que el virus puede modificarse en el tracto seminal

El hallazgo podría ayudar a explicar mejor el proceso de transmisión del virus




La idea de que la estructura del virus que causa el sida podría variar en función del compartimento del cuerpo en el que se encuentra se ha sospechado desde hace tiempo. Una investigación publicada en '
PLoS Patogens' revela que así sucede en algunos pacientes, una particularidad que ayudará a comprender mejor el proceso de transmisión del VIH.
"El virus en el tracto seminal puede ser diferente por dos razones: primero, porque puede adaptarse a este ambiente y, como resultado, crece mejor aquí que los virus de la sangre; segundo, porque los virus que se replican en este tracto se aíslan mucho de la población sanguínea y pueden volverse distintos por casualidad", explica a ELMUNDO.es Ronald Swanstrom, del Centro para la Investigación del Sida de la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill (EEUU).

Aunque aún "no sabemos cuál de estas dos posibilidades explica que la población [del VIH] del semen sea diferente", continúa el autor, su análisis del gen que codifica la proteína Env del VIH (que forma la superficie del virus y es
clave en la infección) demuestra que así sucede en algunos varones seropositivos.

Una nueva pieza del puzle

El contacto sexual es la principal vía de infección del virus del sida. En la mayor parte de los casos, es el hombre el que lo transmite. Por eso, averiguar cómo es el VIH en el tracto genital masculino es "crucial para comprender el fenómeno de la transmisión y la naturaleza del virus que se propaga", indica el trabajo.

Si los cambios observados por Swanstrom y sus colegas influyen o no en cómo se transmite el
VIH es algo que "aún no sabemos", explica el investigador, "es muy pronto para especular". Pero "podemos decir que mirando simplemente al virus en la sangre obtenemos una fotografía incompleta del donante masculino en la transmisión", añade.



Con la constatación de este proceso de compartimentación del VIH, "queda claro que el virus de la sangre no representa siempre el que está presente en el momento del contagio", señala el autor. "Necesitamos determinar si tiene alguna propiedad especial a la hora de invadir las células del huésped", concluye.


Fuente:

22 de julio de 2010

¿Cuántos microorganismos tenemos?


Jueves, 22 de julio de 2010

¿Cuántos microorganismos tenemos?

Demasiados sería la respuesta sencilla. En realidad nuestro cuerpo es un inmenso cultivo de microorganismos. Tenemos 10 veces más microorganismos que células propias. En el ser humano hay unos 10 billones de células y en condiciones normales podemos tener hasta 100 billones de microorganismos, en su mayoría bacterias. Si nuestro cuerpo contiene más de 200 tipos celulares, sólo en la piel ya tenemos esa diversidad de especies microbianas, por no hablar de las más de 400 especies diferentes del colon. ¿Qué hacen esos microorganismos?


Hasta ahora, se han identificado unos 160 microorganismos que son comunes en los humanos. Según Jun Wang, director del BGI-Shenzhen (China) autor de un artículo sobre el secuenciado del microbioma "de todos los genes del intestino humano, el 99% son bacterianos".

En condiciones normales la microbiota residente se autorregula, renovándose entre 2 y 3 veces al día y se excretan diariamente 3x10 (elevado a 13) microorganismos. En recuentos microscópicos de heces, se reveló la existencia de hasta 10 (elevado a 12) microorganismos por gramo de peso seco de heces. Y si pudiéramos poner todos los microorganismos del cuerpo en una báscula pesarían unos 2 kilos, aunque sin ellos no podríamos realizar muchísimas funciones vitales para nuestra vida.

¿Nuestro cuerpo tiene microorganismos en todos los tejidos?

NO. Aunque la cantidad de microorganismos sea unas 10 veces superior al número de células, en condiciones normales tendremos microorganismo en la piel y en las mucosas del ojo, oído externo, tracto respiratorio superior (boca, nariz, nasofaringe), tracto digestivo (esófago, estómago, intestino) y parte del tracto genitourinario externo.

Sin embargo, nuestro cuerpo tiene órganos denominados axénicos, en los que no puede existir ningún tipo de microorganismo bajo ningún concepto (la existencia en alguno de ellos, significa infección y riesgo para la vida). Los órganos axénicos son los órganos principales como el cerebro, pulmón, corazón, hígado, riñones, páncreas, vesícula, uréteres y también en el músculo, en la sangre y en el sistema linfático.

Y entonces, ¿cómo los tenemos repartidos por el resto del cuerpo?

Como acabamos de comentar, los tenemos repartidos entre la piel y las mucosas y generalmente son relaciones mutualistas y comensales, aunque la cantidad de microorganismos varía entre cada persona en función de la edad, sexo, dieta, estilo de vida, lugar de residencia, higiene, etc...

En un estudio publicado en 2009 en Science, un grupo de investigadores comprobó al analizar "comunidades" de bacterias en 27 regiones del cuerpo de nueve adultos sanos, que la composición de las "comunidades" variaba de persona a persona e incluso según el tipo de vida o de un sitio a otro del cuerpo.

Por ejemplo, sobre la piel ocupan una superficie de unos 2 metros cuadrados y en función de la zona, la variedad existente variaba. Por ejemplo en el antebrazo había hasta 44 especies diferentes vs. detrás de la oreja, que "apenas" tenía 19 bacterias diferentes, siendo mayoritariamente bacterias Gram positivas.

Generalmente están en zonas con con células muertas, secreciones o zonas húmedas, asociadas a zonas con secreciones como en los folículos pilosos, poros y glándulas sudoríparas o sebáceas. ¿Por qué en esas zonas? Tienen buen acceso a nutrientes como agua, aminoácidos, urea, ácidos grasos y diferentes electrolitos que soltamos por el cuerpo.

Propionibacterium acnes
es un ejemplo de estos microorganismos que tenemos sobre la piel y que está vinculado a la formación del acné y que se alimenta de los ácidos grasos que van soltando las glándulas sebáceas. En otros casos, las bacterias funcionan como "barrenderos" ya que se digieren pequeños trozos de piel muerta.


Toe Culture

Microorganismos del dedo del pie - Fotografía en Flickr de akseabird


Sin embargo en el resto de la piel, el ambiente es menos favorable porque tiene un pH menor y con gran sudor lo que le convierte en un ambiente hiperosmótico con altísimas concentraciones de NaCl (como si estuviéramos en el Mar Muerto), además de la existencia de lisozimas, etc...


Cuando llegamos al Tracto respiratorio la cosa ya cambia. En el tracto respiratorio superior (Boca, nariz y nasofaringe) hay una gran diversidad (Staphylococcus, Streptococcus, Cocos Gram negativos...) mientras que en el tracto inferior, salvo infección, apenas hay, porque hay un flujo continuo de moco que evita la colonización así como macrófagos que están vigilando la colonización.

¿Y la boca?


Throat Culture

Colonias de microorganismos asociadas a la dentadura, aisladas en una placa de agar sangre - Fotografía en Flickr de akseabird


La cavidad bucal es un hábitat muy complejo y heterogéneo, pero que es uno de los lugares magníficos para el conocimiento de las bacterias. En la cavidad bucal hay una buena disponibilidad de agua, nutrientes, así como un pH y una temperatura adecuada. Es un hábitat tan complejo que podemos encontrar Arqueas productoras de metano como Methanobrevibacter o hasta 101 diferentes tipos de bacterias (a nivel de Género). Desde los Streptoccus mutans y S. sobrinus, causantes de la caries a Lactobacillus que nos ayudan a asimilar lactosa o Neisseria.

Desde el momento en que nacemos, la cavidad bucal, ya es colonizada por microorganismos del ambiente circundante, unas horas después del nacimiento son inicialmente anaerobios aerotolerantes y aerobios, para finalmente sólo quedar anaerobios (no toleran oxígeno) con la formación de los primeros dientes, ocupando toda la cavidad bucal desde los dientes hasta la mucosa adyacente.

Resisten la acción mecánica externa en la dentadura, gracias a una biopelícula, que es por explicarlo de una forma "sencilla", como un entramado orgánico de origen bacteriano, formado por restos de la destrucción de bacterias y polisacáridos de cadena larga, sintetizados por las propias bacterias a partir de los azúcares de la dieta.

La biopelícula va a sujetar, sostener y proteger a las bacterias que van a formar la placa dentaria, contra la acción exterior, pudiendo resistir a la acción mecánica y/o a cambios de pH. Este biofilm o biopelícula, está producida por entre 200 y 300 tipos de bacterias.

Cada día que una persona no se cepilla los dientes, se forman unos 1.500 milímetros cuadrados de placa bacteriana. A los 20 días, la superficie con placa ya ha superado los 22.000 milímetros cuadrados. Aproximadamente la mitad de la dentadura.

Lea el artículo completo en:

Ciencias y Cosas

26 de junio de 2010

Tú eres tus bacterias

Domingo, 27 de junio de 2010

Tú eres tus bacterias




No hay mal que por bien no venga. Rob Knight es un microbiólogo de la Universidad de Colorado que tras un viaje a Perú sufrió un caso agudo de "diarrea del viajero". Después de tomar una serie de antibióticos se recuperó. Pero resulta que Knight investiga sobre el microbioma humano, así que se puso a estudiar los efectos de los antibióticos en la recuperación de la microbiota de sus intestinos.

También hizo otra cosa. Antes del viaje, Knight se había sometido a una dieta para perder peso que demostró ser inefectiva. Tras su recuperación, la retomó y esta vez consiguió perder más de 20 kilos. Inmediatamente pensó en el papel de la microbiota, ya que un artículo de su grupo había demostrado la importancia de la composición de la microbiota en la ganancia de peso en ratones. El trasplante de microbiota de ratones obesos a ratones delgados hacia que estos últimos ganaran peso. Aunque también demostraron que la presencia de determinados receptores en las células del intestino favorecían el establecimiento de un tipo de microbiota y no de otra. Según Knight, la conjetura era que los antibióticos habían "lavado" a la microbiota "obesa" y habían permitido que fuera más fácil establecer una nueva.


En los gráficos de la izquierda puede verse la ganancia de peso en ratones deficientes en el receptor TLR5 (ratones T5KO) cuando se comparan con ratones normales (ratones wt), sin importar de que estos sean machos o hembras. A la derecha se comparan las resonancias magnéticas de ambos tipo de ratón. Las zonas blancas son zonas grasas. (Fuente: Vijai-Kumar et al. )


En una reciente revisión, el investigador Liping Zhao escribe que los seres humanos somos superorganismos cuyo fenotipo es el resultado de la interacción de los dos genomas que contiene. Uno es el genoma humano que heredamos de nuestros progenitores y que se compone de unos 25.000 genes. El otro es el microbioma humano que se adquiere del medioambiente y que está formado por 1 milón de genes. En contraste con el genoma humano, la composición del microbioma humano es muy flexible y puede ser modulada por la acción de la comida o de los medicamentos. De hecho, cada persona tiene su propio microbioma, diferente del resto de seres humanos. Podríamos decir que es una especie de huella digital microbiana.

Ambos genomas deben de trabajar de manera armoniosa para que se mantenga la salud. Una dieta no equilibrada puede transformar al microbioma de un aliado en un enemigo. Gracias a las nuevas tecnologías de secuenciación estamos comprendiendo cada vez mejor las relaciones de los diferentes miembros del microbioma ya sea entre si, o con las células de nuestro cuerpo. Pero no bastan las herramientas genómicas. Otra forma de seguimiento es el estudio de los metabolitos encontrados en la orina. Si se consigue catalogar la variabilidad de las diferentes comunidades microbianas se podrá identificar biomarcadores que puedan ser usados para predecir enfermedades, ademas de permitirnos entender mejor como esas comunidades responden a los medicamentos y a los factores medioambientales. Eso podría abrir un camino para manipularlas y usarlas en su vertiente sanitaria como una herramienta preventiva.

Fuente:

Curiosidades de la Microbiología

8 de junio de 2010

La vida en condiciones extremas de la Tierra podría sobrevivir en Marte

Martes, 08 de junio de 2010

La vida en condiciones extremas de la Tierra podría sobrevivir en Marte

Un nuevo descubrimiento sobre la vida bacteriana terrestre en un entorno similar a Marte, sugiere que nuestro vecino podría hospedar algunos tipos de vida microbiana.

Los investigadores encontraron algunas bacterias que se alimentaban con metano que parecían prosperar en un manantial único llamado Lost Hammer en la isla Axel Heiberg en el extremo norte de Canadá.

Este manantial podría ser similar a algunos de los que pudo haber (o hay) en Marte, dijeron los científicos, por lo tanto hay indicios de que vida microbiana pudo probablemente haber existido ahí también. Sin embargo no hay una evidencia firme de que en Marte exista o haya existido vida.


Lost Hammer

El manantial de Lost Hammer es extremadamente salino, tanto que ni el agua llega a congelarse incluso a temperaturas muy inferiores a 0º C. Este agua no contiene oxigeno que se pueda consumir, pero hay grandes burbujas de metano que llegan a alcanzar la superficie.

Ahora, que los científicos han encontrado organismos anaeróbicos únicos (criaturas que no necesitan oxigeno para sobrevivir), prosperan en dicho manantial. Según los investigadores, estos organismos tan resistentes es muy probable que respiren sulfato en lugar de oxigeno.

“El manantial de Lost Hammer es el entorno extremo más salino a temperaturas bajo cero que hemos encontrado”, comento la microbiologa Lyle Whyte, de la Universidad McGill de Canada.

De hecho, la temperatura en esta parte de Canada es mas dura de la que se puede encontrar en muchos lugares de Marte.

“Hay lugares en Marte donde la temperatura es relativamente templada desde -10 a 0 grados e incluso a veces superior y en Axel Heiberg llega a alcanzar -50 grados con relativa facilidad”, dijo Whyte.

Y recientes datos sugieren que Marte tiene también metano y agua congelada.

“Si se tiene una situacion donde hay agua salada muy fría, podría potencialmente soportar una comunidad microbacteriana, incluso en ambientes tan extremos”.

Este descubrimiento está detallado en la revista International Society for Microbial Ecology Journal.

Fuente: Space

Tomado de:

Stellar Scout

16 de marzo de 2010

La NASA halla vida a 200 metros bajo la capa de hielo de la Antártida


Miércoles, 17 de marzo de 2010

La NASA halla vida a 200 metros bajo la capa de hielo de la Antártida


Vídeo: NASA

  • Una pequeña cámara detectó dos seres que habitan en plena oscuridad
  • Uno es un 'Lyssianasid amphipod'; se parece a una gamba y mide 8 cm.
  • El otro organismo se parece al tentáculo de una medusa y mide unos 30 cm.
  • Hasta ahora se creía que muy pocos microbios podían vivir en esas condicione

La NASA ha detectado la existencia de dos seres vivos a casi 200 metros bajo la capa de hielo de la Antártida, en plena oscuridad, un descubrimiento que altera las teorías sobre las condiciones en las que se puede desarrollar la vida.

En un comunicado difundido este martes, la Agencia Espacial estadounidense asegura haber hallado un 'Lyssianasid amphipod', una criatura parecida a un camarón o gamba, y de unos 8 centímetros de tamaño. Además, encontró lo que parecía ser el tentáculo de una medusa, de unos 30 centímetros.

Un equipo de la NASA introdujo una pequeña cámara de vídeo a través de la gruesa capa de hielo, y la hizo descender en la profundidad marina, donde reina la oscuridad.

A unos 190 metros, se detectó y se fotografió al crustáceo que, pese a su pequeño tamaño, ha logrado romper los principios establecidos hasta ahora sobre las condiciones extremas en las que puede haber vida.

Hasta ahora, los científicos creían que sólo unos cuantos microbios eran capaces de vivir en estas condiciones.

El descubrimiento de la NASA podría llevar a realizar expediciones en busca de vida a lugares hasta ahora descartados en el espacio, como planetas o lunas congeladas.

"Estabamos trabajando con la presunción de que no íbamos a encontrar nada", dijo el científico de la NASA Robert Bindschadler, quien presentará el vídeo del descubrimiento en la reunión del miércoles de la American Geophysical Union. "Es un camarón que te gustaría tener en el plato", bromeó.

El científico matizó que el 'Lyssianasid amphipod' no es exactamente un camarón o gamba, aunque sí es un primo lejano de esta especie.

Fuente:

El Mundo Ciencia

9 de marzo de 2010

Nuestro sistema digestivo en un zoológico

Martes, 09 de marzo de 2010

Nuestro sistema digestivo en un zoológico


Las entrañas del ser humano son como un zoológico... pero para bacterias, según un nuevo estudio. Y los científicos aseguran que eso es bueno.

Los primeros resultados de una campaña internacional para catalogar los millones de genes no humanos que la gente lleva adentro señalaron que hay unos 170 tipos de bacterias diferentes en el aparato digestivo de una persona común.

El estudio también descubrió que quienes sufren de la enfermedad intestinal inflamatoria llevan dentro una variedad menor de especies.

Los resultados se publicarían el jueves en una nueva edición de la revista científica Nature.

Más de 99% de los tipos de genes que llevamos en el cuerpo no son humanos, sino que provienen de los microbios. Por lo tanto, el catálogo de los genes de esas bacterias mejorará ampliamente el mapa del genoma humano, dijo una de los autores del estudio Jun Wang, una investigadora china del genoma.

Las bacterias "controlan el planeta, incluido nuestro cuerpo", dijo en un correo electrónico otro de los autores, Jeroen Raes, investigador del Laboratorio Europeo de Biología Molecular en Alemania.

"Creo que es importante que la gente se dé cuenta de que no somos humanos realmente. Somos una colonia andante de bacterias y éstas son clave para nuestro bienestar y salud", agregó.

Lea el artículo completo en:

Univision

Si el tema le intersó entonces no piuede perderse este blog:

El Mundo de los microbios


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