Jueves, 04 de marzo de 2010
Descifrado por primera vez el metagenoma humanoEl Proyecto MetaHIT ha cumplido su objetivo, descifrar la caracterización y variabilidad genética de las comunidades microbianas que viven en el tubo digestivo de los humanos: 10 millones de millones de bacterias; 3.300.000 genes diferentes traducidos en 20.000 funciones diferentes, 5.000 de las cuales eran totalmente desconocidas hasta ahora.
Escherichia Coli. Imagen: Wikipedia
Investigadores del Institut de Recerca del Hospital Universitario Vall d'Hebron de Barcelona (IR-HUVH) conjuntamente con el Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd) participan -como único representante del Estado Español- en el proyecto MetaHIT.
Los primeros resultados de este proyecto se publican en la revista Nature y describen un catálogo de 3.300.000 genes procedentes de bacterias intestinales. Esto se traduce en unas 20.000 funciones diferentes a cargo de todas las bacterias que viven en nuestro intestino.
El microbioma es el conjunto de microorganismos (bacterias, levaduras, etc.) que viven ‘en y con’ el ser humano de manera que sus genes y actividades biológicas contribuyen a la vida y constituyen lo que se llama el ‘metagenoma’ humano. Casi dos años después de iniciarse el proyecte MetaHIT, éste ha cumplido su objetivo: descifrar la caracterización y variabilidad genética de las comunidades microbianas que viven en el tubo digestivo.
El estudio ha descrito el metagenoma del grupo control. Una muestra de 125 individuos entre controles sanos, pacientes con Colitis Ulcerosa, Enfermedad de Crohn, Obesidad y entre los que figuraban personas emparentadas entre sí.
Un primer objetivo cumplido
De las muestras obtenidas (deposiciones) se hizo una secuenciación masiva, es decir, se ha listado toda la información genética (ADN) presente en las muestras, sin hacer distinciones. “De toda esta información se ha hecho un análisis bioinformático, se ha extraído todo el ADN procedente de células humanas y se ha descartado”, nos explica Francisco Guarner, responsable de la investigación en el grupo de investigación en fisiología y fisiopatología digestiva del IR-HUVH y participante en el consorcio biomédico CIBERehd.
Este análisis informático también ha detectado la abundancia de secuencias de ADN repetidas para eliminar las redundancias. Es decir, todo ese material genético compartido entre las diferentes especies que viven en el intestino. “Con todo esto se ha conseguido un catálogo de los 3.300.000 genes diferentes que podemos encontrar”, afirma Guarner.
Se ha visto, además, que mucha de esta información es común en muchos de los individuos. De hecho, de los 3.300.000 genes descifrados en este estudio, más de un millón se habían descifrado sólo analizando los 5 primeros individuos de la muestra. Cuando se habían analizado 25 ya se conocían unos 2’5 millones de genes y más de 3 millones se habían descifrado al analizar 45 individuos de los 125 de la muestra. A partir de este momento y hasta finalizar el análisis de los 125 individuos de la muestra, casi todo fueron redundancias, es decir, los genes que aparecieron ya habían aparecido en individuos anteriores.
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