Planta modelo en biología molecular. Arabidopsis thaliana
Decía Asimov sobre la psicohistoria, que en la saga de la Fundación desarrolla Hari Seldon, que es como la teoría cinética de gases: incapaz de predecir el comportamiento individual de un elemento, pero válida para anticipar que hará todo el conjunto. Esto recuerda vagamente al sistema de publicación de resultados científicos basado en el peer review o revisión por pares. Según este sistema un descubrimiento es juzgado de forma anónima (o no) por otros científicos, que juzgan si el trabajo es válido o si tiene la suficiente calidad para una determinada revista.
La calidad de un artículo la marcan fundamentalmente dos parámetros, la revista que lo acepta y el número de citaciones que recibe una vez publicado. Con este sistema, aparentemente simple, avanza el conocimiento científico, pero como dicen los americanos “you must look at the big picture”.
Individualmente podemos encontrar artículos rechazados en revistas importantes que con el paso de los años han acumulado centenares de citaciones y artículos en revistas grandes que han caído en el olvido al poco tiempo. Y, por supuesto, también hay fraudes. Todo el sistema está basado en la confianza. Los que te juzgan no repiten los experimentos, se fían de tu rigor.
¿Esto es una debilidad del sistema?, no necesariamente. Si el artículo es citado a posteriori significa que otro científico ha utilizado tus resultados para sus propias investigaciones. Si no cuadran, saltan las alarmas.
Este control adicional no es obstáculo para que, de vez en cuando, alguien decida saltarse la ética a la torera, se invente unos resultados aparentemente coherentes y los publique con la esperanza que el artículo le cuente en el curriculum, pero que se olvide rápido y nadie descubra la pirula.
A veces los fraudes aparecen en los libros de historia, como el hombre de piltdown o en los telediarios, como las células madre chungas de Hwan Woo-Suk. Son casos extremos, casi todos pasan inadvertidos para el público. No obstante, no es extraño que en alguna revista aparezca un breve comunicado en el que se anuncia la retirada (“retraction”) de determinado artículo por que algún experimento no se ha podido reproducir.
Que no sean conocidas no quiere decir que alguna de estas pequeñas historias no merezca, al menos, una entrada en Amazings, como es el caso que nos ocupa…
Estamos en el año 1999, hace poco que se ha secuenciado el primer organismo con núcleo (la levadura Saccharomyces cerevisiae) y la biología molecular entra en su mayoría de edad. Se habían descubierto los genes Hal de levadura, fragmentos de ADN que codificaban proteínas capaces de dar tolerancia a salinidad cuando se aumentaba su expresión. La veda estaba abierta. Ahora tocaba encontrar los equivalentes de estos genes en plantas. ¿El objetivo? cultivos tolerantes a salinidad, un problema acuciante para la agricultura entonces y ahora.
En mayo del año 1999 una publicación en la prestigiosa revista PNAS parecía sentenciar que un grupo belga se había llevado el gato al agua. El gen DBF2 iba a ser clave en la agricultura del siglo XXI que estaba a la vuelta de la esquina. Era un gen de la planta modelo Arabidopsis thaliana (una planta de la familia de la col y la mostaza) que al ser expresada en levadura daba tolerancia no solo a salinidad, sino a todo lo que se le ponía por delante. Más que un gen parecía un supergen… hasta que se hizo de día y acabó el sueño. Los proyectos genoma iban muy rápido, y el año siguiente se acabó de secuenciar el genoma de la planta en cuestión, y DBF2 no estaba.
¿Como puede ser que se publique un gen de una planta y que cuando se secuencia el genoma completo el gen no aparezca? Porque todo el artículo había sido inventado y los resultados falseados, incluida la secuencia del gen, que nunca había existido. ¿Cómo se le ocurre a alguien un fraude tan burdo? Posiblemente el fallo esté al inicio del proyecto. Ser poco cuidadoso en los experimentos iniciales puede hacer que los resultados no lleguen, y ante la presión de un gran jefe, y sobre todo, de una joven jefa ansiosa de tener un sitio entre los grandes un predoctoral puede escoger el camino equivocado. Como pasa en estas historias del estudiante predoctoral nunca se volvió a saber, el gran jefe continúa siendo un gran jefe (e igual le dan el Nobel un año de estos) y la joven jefa ya no es joven, pero sigue de jefa.
Esta historia tiene un curioso epílogo. A veces los resultados falsos son tan bonitos que sirven para justificar los tuyos propios. El mismo año que el articulo sobre DBF fue retirado apareció un artículo de revisión (un articulo que no presenta resultados nuevos sino que recopila resultados sobre un tema concreto) de un mega crack en el campo que le dedicaba un párrafo entero a este gen. Después de consultar con mi supervisor, y con la confianza que me daba el hecho que en el último congreso el susodicho crack había estado 5 minutos echando pestes sobre mi trabajo, decidí indicarle el error.
Con toda la educación y humildad que mi inglés y mis tiernos dos añitos de doctorado permitían le envié un e-mail alabando su artículo, pero comentando así como de pasada, el pequeño detalle de citar un artículo retirado, es decir, falso. Me contestó de inmediato, educadamente, agradeciendo la observación. Su apretada agenda le había hecho que se le pasara la notificación de la retirada del artículo y por eso lo había dado por bueno. El año siguiente volvió a publicar un artículo de revisión, en una revista muy buena y volviendo a dedicar un párrafo al gen (falso) DBF2.
No volví a escribirle.
Fuente:
Amazings
Decía Asimov sobre la psicohistoria, que en la saga de la Fundación desarrolla Hari Seldon, que es como la teoría cinética de gases: incapaz de predecir el comportamiento individual de un elemento, pero válida para anticipar que hará todo el conjunto. Esto recuerda vagamente al sistema de publicación de resultados científicos basado en el peer review o revisión por pares. Según este sistema un descubrimiento es juzgado de forma anónima (o no) por otros científicos, que juzgan si el trabajo es válido o si tiene la suficiente calidad para una determinada revista.
La calidad de un artículo la marcan fundamentalmente dos parámetros, la revista que lo acepta y el número de citaciones que recibe una vez publicado. Con este sistema, aparentemente simple, avanza el conocimiento científico, pero como dicen los americanos “you must look at the big picture”.
Individualmente podemos encontrar artículos rechazados en revistas importantes que con el paso de los años han acumulado centenares de citaciones y artículos en revistas grandes que han caído en el olvido al poco tiempo. Y, por supuesto, también hay fraudes. Todo el sistema está basado en la confianza. Los que te juzgan no repiten los experimentos, se fían de tu rigor.
¿Esto es una debilidad del sistema?, no necesariamente. Si el artículo es citado a posteriori significa que otro científico ha utilizado tus resultados para sus propias investigaciones. Si no cuadran, saltan las alarmas.
Este control adicional no es obstáculo para que, de vez en cuando, alguien decida saltarse la ética a la torera, se invente unos resultados aparentemente coherentes y los publique con la esperanza que el artículo le cuente en el curriculum, pero que se olvide rápido y nadie descubra la pirula.
A veces los fraudes aparecen en los libros de historia, como el hombre de piltdown o en los telediarios, como las células madre chungas de Hwan Woo-Suk. Son casos extremos, casi todos pasan inadvertidos para el público. No obstante, no es extraño que en alguna revista aparezca un breve comunicado en el que se anuncia la retirada (“retraction”) de determinado artículo por que algún experimento no se ha podido reproducir.
Que no sean conocidas no quiere decir que alguna de estas pequeñas historias no merezca, al menos, una entrada en Amazings, como es el caso que nos ocupa…
Estamos en el año 1999, hace poco que se ha secuenciado el primer organismo con núcleo (la levadura Saccharomyces cerevisiae) y la biología molecular entra en su mayoría de edad. Se habían descubierto los genes Hal de levadura, fragmentos de ADN que codificaban proteínas capaces de dar tolerancia a salinidad cuando se aumentaba su expresión. La veda estaba abierta. Ahora tocaba encontrar los equivalentes de estos genes en plantas. ¿El objetivo? cultivos tolerantes a salinidad, un problema acuciante para la agricultura entonces y ahora.
En mayo del año 1999 una publicación en la prestigiosa revista PNAS parecía sentenciar que un grupo belga se había llevado el gato al agua. El gen DBF2 iba a ser clave en la agricultura del siglo XXI que estaba a la vuelta de la esquina. Era un gen de la planta modelo Arabidopsis thaliana (una planta de la familia de la col y la mostaza) que al ser expresada en levadura daba tolerancia no solo a salinidad, sino a todo lo que se le ponía por delante. Más que un gen parecía un supergen… hasta que se hizo de día y acabó el sueño. Los proyectos genoma iban muy rápido, y el año siguiente se acabó de secuenciar el genoma de la planta en cuestión, y DBF2 no estaba.
¿Como puede ser que se publique un gen de una planta y que cuando se secuencia el genoma completo el gen no aparezca? Porque todo el artículo había sido inventado y los resultados falseados, incluida la secuencia del gen, que nunca había existido. ¿Cómo se le ocurre a alguien un fraude tan burdo? Posiblemente el fallo esté al inicio del proyecto. Ser poco cuidadoso en los experimentos iniciales puede hacer que los resultados no lleguen, y ante la presión de un gran jefe, y sobre todo, de una joven jefa ansiosa de tener un sitio entre los grandes un predoctoral puede escoger el camino equivocado. Como pasa en estas historias del estudiante predoctoral nunca se volvió a saber, el gran jefe continúa siendo un gran jefe (e igual le dan el Nobel un año de estos) y la joven jefa ya no es joven, pero sigue de jefa.
Esta historia tiene un curioso epílogo. A veces los resultados falsos son tan bonitos que sirven para justificar los tuyos propios. El mismo año que el articulo sobre DBF fue retirado apareció un artículo de revisión (un articulo que no presenta resultados nuevos sino que recopila resultados sobre un tema concreto) de un mega crack en el campo que le dedicaba un párrafo entero a este gen. Después de consultar con mi supervisor, y con la confianza que me daba el hecho que en el último congreso el susodicho crack había estado 5 minutos echando pestes sobre mi trabajo, decidí indicarle el error.
Con toda la educación y humildad que mi inglés y mis tiernos dos añitos de doctorado permitían le envié un e-mail alabando su artículo, pero comentando así como de pasada, el pequeño detalle de citar un artículo retirado, es decir, falso. Me contestó de inmediato, educadamente, agradeciendo la observación. Su apretada agenda le había hecho que se le pasara la notificación de la retirada del artículo y por eso lo había dado por bueno. El año siguiente volvió a publicar un artículo de revisión, en una revista muy buena y volviendo a dedicar un párrafo al gen (falso) DBF2.
No volví a escribirle.
Fuente:
Amazings